Ved revisjonen av jordskifteloven i 1979 var det et uttalt siktemål å harmonisere saksbehandlingsreglene i jordskifteloven med de alminnelige regler i tvistemålsloven. Dette arbeidet ble videreført ved revisjonene i 1991 og 1998, jf. blant annet Ot. prp. nr. 57 (1997–98). Avvik fra saksbehandlingsreglene i tvistemålsloven måtte ha en særlig jordskiftefaglig begrunnelse.

Jordskiftelovens system bygger på:

• særlige saksbehandlingsbestemmelser under den enkelte paragraf.
• henvisning til tvistemålsloven under den enkelte paragraf. En samleparagraf for disse henvisninger er gitt i jordskifteloven § 97 b.
• en generell, og direkte henvisning til en rekke bestemmelser i tvistemålsloven i jordskifteloven § 97 a, som skal «gjelde på tilsvarande måte så langt dei høver».

Tvistemålslovens regler gjelder for enkelte deler av saken, mens det for øvrig er særlige regler som gjelder. For eksempel vil tvistemålslovens kap. 13 om saksomkostninger gjelde ved behandling av tvister, men ikke generelt i et jordskifte. De alminnelige regler for tilkjenning av omkostninger til bistand av advokat, vil derfor gjelde under tvistebehandling, men ikke generelt under saken.

Ved innføring av ny tvistelov i 2008 (som erstatter tvistemålsloven) videreføres samme system frem til ny jordskiftelov er på plass. Jordskifteloven er for tiden under revisjon. I ny jordskiftelov vil tvisteloven bli gjort gjeldende i jordskiftesaker, dersom ikke særlige hensyn tilsier noe annet. 

Saksbehandlingen i jordskiftesaker er lagt opp slik at partene i størst mulig grad skal kunne føre sin sak selv, uten bistand fra advokat. Dette stiller store krav til jordskiftedommerens materielle og formelle prosessledelse.

Jordskifterettene er i de fleste sakene satt sammen av jordskiftedommer og to jordskiftemeddommere. Jordskifteretten tar alle avgjørelser som er nødvendige for å gjennomføre saken, basert på det partene har opplyst i rettsmøtene.

Reglene for saksbehandling i grensegangs- og rettsutgreiingssaker følger reglene for jordskiftesaker, så langt de passer.

Saksgangen varierer sterkt fra sakstype til sakstype.