I 1861 ble Utskiftingsvesenet for Finnmarks amt opprettet. I årene fremover ble det gjennomført utskiftinger i alle kommuner innenfor Troms utskiftingsdistrikt, størsteparten i den sørlige delen av distriktet.
Etter endringer i lov om utskiftinger i 1934, ble Utskiftingsvesenets mandat utvidet til også å gjelde grensegangsaker. Dette medførte en gradvis økning i antall saker i Troms. Som et resultat av flere og mer komplekse saker, samt store reiseavstander, ble Nord-Troms utskiftingsdistrikt opprettet i 1942. Det nyopprettede distriktet fikk kontor i Tromsø og skulle dekke Lyngen og Malangen sorenskriverembeter.
I 1950 trådte lov om jordskifte i kraft. Loven medførte blant annet at utskiftingsformannen fra nå av skulle tituleres jordskiftedommer og utskiftingsdistrikt ble byttet ut med jordskiftesokn. Hvert sokn fikk sin jordskifterett. Nord-Troms jordskifterett hadde fra 1950 ansvaret for kommunene fra og med Balsfjord og Hillesøy i sør og til og med Kvænangen i nord.
I perioden fra 1950 til 1995 var Nord-Troms jordskifteretts kontor i Tromsø bemannet med en dommer og en til to teknisk ansatte. På grunn av stor saksmengde ble det ofte brukt dommere fra andre sokn i denne perioden. Teknisk personell fikk også i mange tilfeller løyve til å styre jordskiftesaker i første instans, for å avlaste dommerne.
I perioden fra 1985-2001 fungerte kontoret i Tromsø som fylkesjordskiftekontor for Troms fylke. Fylkesjordskiftesjefen ved kontoret fungerte som administrativ leder for jordskifterettene i hele fylket.
Fra 1950 og fram til i dag har både saksmengde og sakstyper innenfor Nord-Troms jordskiftesokn endret seg. Arbeidsmengden pr. sak er dessuten gått ned. Det sluttes i dag langt flere saker pr. år enn tidligere. Mens det i 1950 ble avsluttet sju saker i Nord-Troms, ble det rundt år 2000 avsluttet gjennomsnittlig 26 saker pr. år. I 2009 ble det avsluttet 56 saker. Sakstypene har gradvis gått over fra jordskifte til et flertall av grensegangsaker, men også delingssaker og bruksordningssaker har tiltatt. Bruksordningssakene er i mindretall, men som regel de mest arbeidskrevende sakene.
I 2003 ble soknegrensen for Nord-Troms endret. Kommunene Målselv, Sørreisa, Lenvik, Tranøy, Berg og Torsken ble tilføyd. De 4 siste kommunene ble slått sammen til Senja 1. januar 2020.